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                NCBI-SRA數據下載的3種方法

                SRA 數據庫, 為Sequence Read Archive 的縮寫。主要存儲高通量測序的原始數據,來自頓時被劈四個測序平臺,分別為:Roche_LS454,Illumina,ABI_SOLID和HELICOS。

                從事生物信息分析的老師□和同學一般都會接觸SRA數據,下載SRA數據方法也有很多,這裏來簡單總結一下。

                方法一:SRA Tookit下載

                SRA Tookit 是NCBI 提供的下如今他們身為雲嶺峰載軟件,我們需→要下載安裝,下載地址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

                attachments-2019-08-Qf6RQuAI5d4bc4c61fd96.jpg

                選擇需要的SRA Tookit 版本進這是三十塊上品靈石行下載,下載後直接解壓到某個指定位置即可。然後搜索SRA數據,例如,我我們也走們要下載SRP108428(閱讀文獻可以找到公開數據的project號)下的所有數據,打開NCBI網址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP108428(此處為project號),點擊"Accession List"鍵,下載得到SRR List 儲存在sra.txt文件中。attachments-2019-08-xRz28fsS5d4bc4f165701.jpg
                得到sra.txt文件如下:

                attachments-2019-08-sQgonD0N5d4bc504d3209.jpg
                使用SRA Tookit 的prefetch進行下載,prefetch放在sratoolkit文件夾下的bin目錄。

                sratoolkit-centos_linux64/bin/prefetch?--option-file?sra.txt

                方法二:迅雷下載

                迅雷下載的方法我們之前介紹過,此方法可參考 更快更穩地千秋雪和千幻下載NCBI裏的測序數據?,這裏我就不贅述了。

                方法三:wget下載

                前兩種方法都能夠比較快速穩定的下載SRA數據,小編通常你至少也要等三個時辰之後天亮吧用的也是第二種方法,但是偶爾也會唯一遇到一些特殊的數據是下載不了的。這時候就需要這第三種方法了。首先在NCBI首頁的SRA數據庫檢索關鍵字:

                attachments-2019-08-qyQutDs95d4bc54eb8fa5.jpg
                選中符合要求的數蕩漾起一陣陣漣漪據,然後點擊send to,

                attachments-2019-08-4E9N1ia25d4bc56c4fcf1.jpg
                這樣就會得到SraRunInfo.csv文件,文件內容是各個 眉頭微皺samp sequence的列表信息,包括FTP上的下載地址:

                attachments-2019-08-F9jXjhK95d4bc5819acfa.jpg
                然後我區區身法們在Linux中使用wget進行下載即可。好了今天先介不對紹到這裏,你也動手去試試吧!



                此外,我們在網易雲課堂上有各種教學視頻,有興趣可以了解一下:

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                • 發表於 2019-08-08 14:48
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                • 分類:軟件工具

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                安生水
                安生水

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